Hakkari Üniversitesi 22.05.2008 tarih ve 5765 Sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunun 99’uncu maddesi ile kurulmuş ve Hakkari Üniversitesi tüzel kişiliğine kavuşmuştur.

Hakkari Üniversitesi;
İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ile Yüzüncü Yıl Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek oluşturulan Rektörlüğümüze bağlanan Hakkari Eğitim Fakültesi, 03.07.2011 tarih ve 27983 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2018 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Rektörlüğe bağlı olarak İlahiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi ve 20.08.2011 tarih ve 28031 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2088 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur.
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek oluşturulan ve Rektörlüğümüze bağlanan Çölemerik Meslek Yüksekokulu, Yüksekova Meslek Yüksekokulu ile Hakkari Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulundan,
Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsünden oluşur.

Ayrıca 19 .09.2010 tarih ve 27704 sayılı Resmi Gazetede yayımlararak yürürlüğe giren Hakkari Üniversitesi Döner Sermamye İşletme Yönetmeliği’ne binaen 2011 yılında Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü, Döner Sermaye Saymanlık Müdürlüğü ve Döner Sermaye Müdürlüğüne bağlı olarak Hakkari Üniversitesi Sürekli Eğitim Merkezi Müdürlüğü aktif hale getirilmiştir.